Ganztag, das bedeutet an der IGS Lilienthal Unterricht bis 15.10 Uhr. Dies ist aber nicht an allen Tagen der Fall. Schülerinnen und Schüler in den Jahrgängen 5 bis 7 haben nur zwei lange Tage im Plan. An der IGS Lilienthal gibt es für den 5. und 6. Jahrgang einen planmäßigen Nachmittagsblock im Klassenverband. Daneben wählen die Schülerinnen und Schüler ein weiteres Angebot aus. In Klasse 7 sind im Stundenplan bereits zwei Nachmittagsblöcke enthalten. Für einen dritten Tag können die Schülerinnen und Schüler dieses Jahrgangs ein Zusatzangebot wählen. Es gibt für diese drei Jahrgänge jeweils unterschiedliche Zusatzangebote. In den Jahrgängen 8 und 9 sind bis zu drei Nachmittage verpflichtend.
An der IGS Lilienthal gibt es folgende Struktur: Ein offener Anfang ermöglicht in den unteren Jahrgängen ein sanftes Ankommen im Unterichtsalltag. Es gibt Stundenblöcke von 80 Minuten. Nach drei Blöcken beginnt die Mittagspause, in der die Schülerinnen und Schüler gemeinsam in der Mensa essen. Außerdem ist Gelegenheit, sich bei einer aktiven Freizeitgestaltung zu entspannen. Nur freitags schließt der Unterricht in den unteren Jahrgängen bereits um 12.10 Uhr. Jede*r Schüler*in besucht nach einer gewissen Zeit mindestens zwei Nachmittagsblöcke in der Woche.